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发布日期:2014-05-02
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李晨虹 教授


李晨虹,男,博士,教授、博士生导师。上海市高校特聘教授(东方学者),获上海市浦江人才计划资助,现任水产学重要刊物《Journal of the World Aquaculture Society》(IF=1.015)遗传领域主编(Section Editor)[http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1111/(ISSN)1749-7345/homepage/EditorialBoard.html]。共发表论文55篇,其中SCI论文30篇。近5年,发表论文21篇,其中作为通讯作者或第一作者发表SCI论文7篇(篇均IF=4.8),包括1PNAS。全部论文近5年在SCI他引408次,单篇最高99次。

  

工作经历:

2012/8 - 至今,上海海洋大学,水产与生命学院,教授

2011/1 2011/5, 英国约克大学访问研究

2010/8 -2012/7,美国查尔斯顿学院,豪林斯海洋研究所,博士后

2007/8 -2010/7,美国内布拉斯加大学林肯分校,生物系,博士后

1996/7 -2000/12,上海水产大学,农业部水产增养殖生态生理重点实验室,助理研究员

  

教育背景

2002/8 -2007/7,美国内布拉斯加大学林肯分校,生物学,博士

2001/1 -2002/7,美国佛罗里达理工学院,海洋生物

1993/7 -1996/7,上海水产大学,水产养殖,硕士

1989/9 - 1993/6,上海水产大学,水生生物,学士


  

教学工作情况

本科生课程:鱼类学(全英文)、普通动物学(全英文)、奇妙的鱼类世界(新生研讨课)等课程。

研究生课程:生物信息学(全英文)、学术英语、分子系统分类学与生态学理论与方法


主要学术成绩和创新点

1)开发单拷贝核基因标记

科学问题:鱼类系统学研究长期受到基因标记数量过少的困扰,常用的分子标记只有线粒体基因和少量核基因标记。这些标记往往是被随机发现使用的,缺少系统性开发分子标记的研究。而基因标记数量太少会影响鱼类系统学研究的准确性和精确度。

创新点:创造了通过比较模式生物基因组,寻找用于系统发育研究基因组水平分子标记的方法,并开发了简单易用的生物信息学工具,EvolMarkersMol Ecol Resour2012,第一并通讯作者),先后将此方法应用于桑科植物(Applin Plant Sci2013,第二作者)、蚂蚁(Entomologia2013,第二作者)、绦虫(MolEcol Resour2016,共同通讯作者)、线虫、纤毛虫、辐鳍鱼类(BioRxiv2017,通讯作者)、爬行类和哺乳类等生物类群。

学术影响:所开发的鱼类单拷贝核基因标记、跨内含子标记和靶基因富集标记获得国内外广泛认可,开启了通过比较基因组系统寻找分子标记的潮流。国际上许多研究团队都受到启发采用了相同的技术路线,用来开发不同生物类群系统学研究的分子标记。李晨虹教授的原始文献近5年他引99次。

2)建立跨物种靶基因富集方法

科学问题:传统获取分子系统学研究数据的手段是设计PCR引物,扩增目标基因,然后克隆、测序。这种方法耗费人力、物力,一次只能获得一个样本一个基因的序列。

创新点:当2005年第一篇二代测序文章在Nature发表后,如何利用二代测序平台高通量获取目标基因数据成为很多科学家思考的问题。2013年李晨虹教授和美国查尔斯顿学院的Gavin Naylor教授、德国波茨坦大学的Michael Hofreiter教授合作,结合自主开发的单拷贝编码核基因标记,通过优化分子杂交和洗脱的条件,建立了跨物种靶基因富集编码序列的方法。应用该方法,结合二代测序可以一次获得上百个不同物种的上千个编码基因序列。同其它类似的方法如富集超保守序列(UCE)相比,跨物种靶基因富集的目标片段是单拷贝编码基因序列,有较成熟的进化模型和分析方法,更适用于分子系统学的研究。

学术影响:相关论文发表在Biotechniques杂志上(2013,他引53次,第一作者)。被该杂志评选为“2013年度精选文章之一,评价为:“DNA杂交捕获与二代测序相结合,可以在大量个体中,一次性鉴定数百个目标基因的序列。然而,这一技术在捕获相似度不高的目标时,并不那么成功。李晨虹等人对技术进行改进,在不同物种中实现了对同源序列的有效捕获。这一技术将有助于研究基因家族进化,对于比较生物学有重要启示

除了文章被大量引用外,李晨虹教授开发的跨物种靶基因富集方法还吸引了很多国内外科学家的兴趣,向李晨虹教授提出开展合作研究,将这一方法应用到不同类群的生物中,包括:爬行类(中国黄山学院,黄松;美国加州梅里特学院,R.Macey)、绦虫(美国北密歇根大学,K.E. Galbreath)、线虫(美国南伊利诺伊大学,F.A. Jiménez)、鲟形目(美国佛吉尼亚海洋研究所,E.J. Hilton;美国史密森尼博物院,C.B. Dillman)、鳕形目(美国威廉姆玛丽学院,A.Roa-Varon)、虾虎鱼亚目(美国华盛顿大学,L.Tornabene)、亚马逊流域棉鼠亚科(美国德克萨斯理工大学,J.Salazar-Bravo)和已灭绝洞熊的古DNA研究(德国波茨坦大学,M. Hofreiter)等。

因为技术领先,很多国内外专家学者都来李晨虹教授实验室访问学习,如:李晨虹教授两次作为东亚和环太平洋暑期研究计划(EAPSI)的中方导师分别指导受美国自然基金资助的佛吉尼亚海洋研究所的博士生Adela Roa-Varon和德州农工大学柯柏斯克里斯提分校的博士生Kendall Johnson。另外,德州农工大学的Tornabene博士两次自筹经费来李晨虹教授实验室学习。Tornabene现任美国华盛顿大学的助理教授,与李晨虹教授团队保持良好的合作关系。

3)创新位点筛选的分子系统学分析方法

科学问题:高通量的数据和大量的基因位点除了需要一个合理的数据分组方法,还需要对不同的位点进行筛选,因为部分基因位点可能含有系统误差(如碱基组成偏差),用其进行分析常导致错误的结论。

创新点:李晨虹教授提出根据反映碱基组成偏差指标选择基因位点用于分子系统学分析的方法(Mol Phylogenet Evol2012,第一作者;Syst Biol2013,第二作者)。在此基础之上,李晨虹教授比较了根据进化速度、系统发育信息量(Phylogenetic informativeness)、树形度(Treeness)、GC含量和接近分子钟程度(Molecular likeliness)等五种不同指标来筛选基因位点进行系统学研究,发现进化特征接近分子钟的基因标记最适用于分子系统学分析。

4)多位点分子条形码

科学问题:DNA条形码是利用DNA序列确定物种的一种方法,被广泛地运用到各个领域。目前的条形码方法大多是基于一个位点(COI)。这种方法在物种分化时间短,物种间存在基因交流的情况下往往会得到错误的结论。

创新点:李晨虹教授开发了一种基于靶基因富集和二代测序的多位点分子条形码技术,并试用于常规COI条形码无法正确判断的物种。结果显示随着位点个数的增加,物种间的差异变得清晰,种间遗传距离和种内遗传距离分化变得清楚,物种鉴定的准确率也从0上升到100%。

5)海洋鱼类的分类和生物地理

以前期开发分子标记、优化靶基因富集和创新高通量数据分析方法等工作为基础,李晨虹教授开展了多种海洋鱼类的分类和生物地理研究。

科学问题:露齿鲨属是一类本已灭绝的鲨鱼,仅存的标本只有保存在博物馆中的几块骨骼和几片皮肤,直到上世纪90年代在印尼婆罗洲和澳大利亚北部又发现了少量活体标本。但这些新标本和博物馆中保存了170多年的标本碎片之间是什么关系?它们的分类地位及露齿鲨属的生物地理等都需要通过分子系统学研究来回答,但前期用传统PCR克隆测序获得博物馆标本序列的尝试都以失败告终。

创新点:李晨虹教授和美国查尔斯顿学院的GavinNaylor教授合作,应用靶基因富集方法获得了包括博物馆标本在内的所有露齿鲨物种线粒体基因组和100多个核基因的序列,发现先前命名的5种露齿鲨可能有3个种是同物异名,120年前的缅甸露齿鲨标本实际是恒河露齿鲨的同物异名(PNAS2015,第一作者)。这项研究的意义在于它为我们展示了新的遗传学研究方法(如靶基因富集)可以利用博物馆保存上百年标本的信息,甚至可以纠正百年前发生的物种命名的失误。

科学问题:虾虎鱼是种类最多的海洋鱼类,目前已命名的有270属,2000多种。虾虎鱼广泛分布于世界各地的热带、亚热带和温带地区,生活在包括海水、河口、部分淡水和地下环境。虾虎鱼分布广,在海洋生态系统中有重要的作用。和其它鲈形目的鱼类相比,虾虎鱼很多形态分类特征都发生了退化或缺失,所以基于形态特征的系统分类存在很大困难。同样,因分子标记数量不足,目前基于分子数据的虾虎鱼系统学研究也存在较大分歧。

创新点:李晨虹教授和德州农工大学柯柏斯克里斯提分校的Pezold教授以及华盛顿大学的Tornabene助理教授合作,运用靶基因富集的方法富集了43个虾虎鱼目物种的目标基因并测序,重建虾虎鱼的系统分类关系。另外李晨虹教授结合形态学和靶基因富集位点研究了虾虎鱼目、沙塘鳢科的系统分类,确立了一个新属,细齿黝属(Mol Phylogenet Evol2018,通讯作者)。还发表了鲱形目、鳓鱼系统发育地理学研究的文章(Fisheries Sci2016,通讯作者)。

  

主持和参与的科教项目

[1] 教育部留学回国人员启动基金,2014,沙塘鳢的种群结构及遗传分化,2014.12016.13.5万元,已结题,主持

[2] 上海市科委浦江人才,12PJ1403400,超级DNA条形码及在鱼类物种鉴定中的应用,2013.92015.820万元,已结题,主持

[3] 国家自然科学基金青年基金,312019015,日本鳗鲡种群遗传结构的重新评估,2013.012015.1230万元,已结题,参加

[4] 上海人才发展资金,2012056,鱼类物种间的靶基因富集及下一代测序技术,2012.102013.1010万元,已结题,主持

[5] 上海高校特聘教授(东方学者),2011,海洋生物,2011.112014.11


发表的主要论文情况

[1] H Li, Y. He, J. Jiang, Z. Liu, C. Li, 2018. Molecular systematics and phylogenetic analysis of the Asian endemic freshwater sleepers (Gobiiformes: Odontobutidae).Mol. Phylogenet. Evol., 121, 1-11 .

[2] Liu J,Jiang J, Song S, Tornabene, L., Chabarria, R., Naylor, G. J. P., Li, C, 2017.Multilocus DNA barcoding - Species Identification with Multilocus Data. Sci.Rep. 7, 16601.

[3] Song, S.,Zhao, J., Li, C., 2017. Species delimitation and phylogenetic reconstruction of the sinipercids (Perciformes: Sinipercidae) based on target enrichment of thousands of nuclear coding sequences. Mol. Phylogenet. Evol. 111, 44 -55.

[4] Corrigan, S., Maisano Delser, P., Eddy, C., Duffy, C., Yang, L., Li, C., Bazinet, AL,Mona, S., Naylor, GJ, 2017. Historical introgression drives pervasive mitochondrial admixture between two species of pelagic sharks. Mol. Phylogenet. Evol. 110, 122-126.

[5] Wang, Q.,Zhang, J., Matsumoto, H., Kim, J., Li, C. 2016. Population structure of elongate ilisha Ilisha elongata along the Northwestern Pacific Coast by mitochondrial control region sequences. Fish Sci, 82 5): 771 - 785.

[6] PM Delser, Corrigan S., Hale M., Li C., Veuille M., Planes S., Naylor G., Mona S.2016. Population genomics of  C. melanopterus using target gene capture data: demographic inferences and conservation perspectives. Sci Rep. (6): 33753. doi:10.1038 / srep33753.

[7] Yuan H,Jiang J, Jimenez FA, Hoberg EP, Cook JA, Galbreath KE, Li C. 2016. Target gene enrichment in the cyclophyllidean cestodes, the most diverse group of tapeworms. Mol Ecol Resour. 2016 Apr 1. doi : 10.1111 / 1755-0998.12532. [Epubahead of print].

[8] Nicolas Straube, Chenhong Li, Julien M. Claes, Shannon Corrigan and Gavin JP Naylor,2015. Molecular phylogeny of Squaliformes and first occurrence of bioluminescence in sharks. BMC: Evolutionary Biology, 15: 162. DOI 10.1186 /s12862-015-0446- 6.

[9] Chenhong Li, Shannon Corrigan, Lei Yang, Nicolas Straube, Mark Harris, MichaelHofreiter, William T. White, Gavin Naylor, 2015. DNA Capture Reveals Trans Oceanic Gene Flow in Endangered River Sharks. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1508735112.

[10] Nicolas Straube, William T. White, Hsuan-Ching Ho, Elisabeth Rochel, Shannon Corrigan,Chenhong Li, Gavin JP Naylor, 2014. A DNA sequence-based identification checklist for Taiwanese chondrichthyans. Zootaxa (Impact Factor: 0.97) / 2013;3752 (1): 256.

[11] H Ma, CMa, C Li, J Lu, X Zou, Y Gong, W Wang, W Chen, L Ma, L Xia. 2015. First mitochondrial genome for the red crab (Charybdis feriata) with implication of phylogenomics and population genetics Scientific Reports, (5), 11524.

[12] Nicolas Straube, Robin W. Leslie, Paul J. Clerkin, David A. Ebert, Elisabeth Rochel,Shannon Corrigan, Chenhong Li, Gavin JP Naylor, 2014. On the occurrence of the southern Lanternshark, Etmopterus granulosus, off south Africa, with comments on the validity of E. compagnoi. Deep Sea Research Part II Topical Studies inOceanography. DOI: 10.1016 / j.dsr2.2014.04.004

[13] X. Yao,C. Li, CW Dick, 2013. Exon-primed intron-crossing (EPIC) markers for evolutionary studies of Ficus and other taxa in the fig family (Moraceae).Applications in Plant Sciences 1 (10) 1300037.

[14] P. R.Ströher, C. Li and M.R. Pie, 2013. Exon-primed intron-crossing (EPIC) makers as a tool for ant Phylogeography, Revista Brasileira de Entomologia, AHEAD.

[15] Li, C.,M., Hofreiter, N., Straube, S., Corrigan, G. J. P. Naylor, 2013. Capturing protein-coding genes across highly divergent species. BioTechniques 54:321-326.

[16]Betancur-R. R, Broughton RE, Wiley EO, Carpenter K, López JA, Li C, Holcroft NI, Arcila D,Sanciangco M, Cureton II JC, Zhang F, Buser T, Campbell MA, Ballesteros JA, Roa- Varon A, Willis S,Borden WC, Rowley T, Reneau PC, Hough DJ, Lu G, Grande T, Arratia G, Ortí G., 2013. The Tree of Life and a New Classification of Bony Fishes. PLOS Currents Tree of Life 2013 Apr 18.

[17]Broughton RE, Betancur-R. R, Li C, Arratia G, Ortí G. Multi-locus phylogenetic analysis reveals the pattern and tempo of bony fish evolution. PLOS Currents Tree of Life. 2013 Apr 16.

[18]Betancur-R., R., C. Li, T. A Munroe, JA Ballesteros, G. Ortí. 2013. Addressing gene tree discordance and non-stationarity to resolve a multi-locus phylogeny of the flatfishes(Teleostei: Pleuronectiformes Systematic Biology 62 (5): 763-785.

[19] Li, C., Riethoven, J.- JM, Naylor, G. 2012. EvolMarkers: a database for mining exon andintron markers for evolution, ecology and conservation studies. Molecular Ecology Resources, 12 (5): 967-71 .

[20] Li, C.,Matthes, K., Garcia, M., Naylor, G. J. P. 2012. Nuclear markers for phylogenetics of chrichrichthyes and the problem in rooting phylogeny with distant outgroup. Molecular Phylogenetics and Evolution, 63: 365-373.

[21] Low genetic diversity in Nurseryfish, Kurtus gulliveri (Perciformes: Kurtidae), and an appraisal of its breeding system using microsatellite loci. The Beagle, Records of the Museums and Art Galleries of the Northern Territory, 2011 27:179-188.

[22] Li, C.,Betancur-R, R., Smith, Wm. L., Ortí, G. 2011. Monophyly and interrelationships of Snook and Barramundi (Centropomidae sensu Greenwood) and five new markers for fish phylogenetics. Molecular Phylogenetics and Evolution, 60: 463-471.

[23] Li, C.,Ortí, G., Zhao, J.,2010. The phylogenetic placement of sinipercid fishes (Perciformes)was revealed by 11 nuclear loci. Molecular Phylogenetics and Evolution, 56:1096-1104.

[24] Li, C., Riethoven, J.-J.M., Ma, L., 2010. Exon-primed intron-crossing (EPIC) markers for non-model teleost fishes. BMC: Evolutionary Biology, 10: 90.

[25] Li, C.,Bessert, ML, Macrander, J., Ortí, G., 2009. Low variation but strong population structure in mitochondrial control region of the plains topminnow, Fundulus sciadicus. Journal of Fish Biology, 74: 1037- 1048.

[26] Orti,G., Li, C., 2008. Molecules and phylogenetic relationships of ostariophysans. Journal of vertebrate paleontology, 28 (3): 123A-123A.

[27] Li, C.,Lu, G., Ortí, G.,2008. Optimal data partitioning and a test case for ray-finned fishes(Actinopterygii) based on ten nuclear loci. Systematic Biology, 57 (4) 539.

[28] Wang,C., Li, C., Li, S., 2008. Mitochondrial DNA-inferred population structure and demographic history of the mitten crab (Eriocheir, sensu stricto) along the coast of mainland China inferred from mitochondrial loci. Molecular Ecology,17: 3515-3527.

[29] Zhao,J., Li, C., Zhao, L., Wang, W., Cao, Y., 2008. Mitochondrial diversity and phylogeography of the Chinese perch, Siniperca chuatsi (Perciformes: Sinipercidae). Molecular Phylogenetics and Evolution , 49 (1): 399-404.

[30] Li, C.,Ortí, G., Zhang, G., Lu, G., 2007. A practical approach to phylogenomics: the phylogeny of ray-finned fish (Actinopterygii) as a case study. BMC: Evolutionary Biology, 7: 44.

[31] Li, C.,Ortí, G., 2007. Molecular phylogeny of Clupeiformes (Actinopterygii) inferred from nuclear and mitochondrial DNA sequences, Molecular Phylogenetics and Evolution 44: 386-398.

[32] Li, C.,Bessert, M. L., Macrander, J., Ortí, G., 2007. Microsatellite loci for the plains topminnow (Fundulus sciadicus, Fundulidae). Molecular Ecology Notes 7: 691-693.

[33] Li, C.,Li, S., 2003. Genetically improved far npt tilapia and its new selected generation in China. In: Proceedings of the Third World Fisheries Congress: Feeding the World with Fish in the Next Millennium - The Balance between Production and Environment. American Fisheries Society Symposium 38.

[34] Li, S.,Li, C., Dey, M., Gagalacb, F ., Dunham, R., 2002. Cold tolerance of threes trains of Nile tilapia, Oreochromis niloticus, in China. Aquaculture 213:123-129.

[35] Li, C.,Li, S., Xing, Y., Hu, B. , Zhao, S., Wu, Z., 2001. Evaluation of culture performances of two crab Eriocheir sinensis populations in China. World Aquaculture Magazine, 32 (3): 15-16, 68-69.

[36] Li, S.,Li, C., Dey, M., Dunham, R., 1999. Seinability of four strains of Nile tilapia,Oreochromis niloticus, in Chinese ponds. Aquaculture, 174: 223-227.

  

专著和教材情况

[1] Ortí, G, Li, C. 2009. Phylogeny and Classification (Chapter1). pp 1-24 in: Jamieson, B.G.M. (Eds.), Reproductive Biology and Phylogeny of Fishes. Science Publishers, Enfield, New Hampshire.

[2] Ortí, G, Li, C., Farias, I. P. 2005. Filogenia, filogeografíay estructura poblacional de las especies de Prochilodus (Prochilodontidae, Characiformes) en las principales cuencas fluviales de Sudamérica. In: Renno J. -F., García-Dávila C., Duponchelle F. and NuñezJ. (Eds.), Biología de las Poblaciones de Peces de la Amazoníay Piscicultura. Comunicaciones del Primer coloquio de la Red de Investigación sobre la Ictiofauna Amazónica, Iquitos, Perú, pp. 116-122.

  

科教工作获奖情况

项目名称

奖项

等次

排名

角色

时间

吉富新吉富-尼罗罗非鱼种质创新与应用

上海市科技进步

一等奖

7

主要参加

2007-12

中华绒螯蟹种质研究与鉴定技术

上海市科技进步

二等奖

4

主要参加

2004-12

吉富品系尼罗罗非鱼的引进及其同现有养殖品系的评估

农业部科技进步

三等奖

6

主要参加

1997-11


联系方式

地址:上海海洋大学水产与生命学院A411

电话:6190049515692161233

E-mailchli@shou.edu.cn

Webpagewww.lmse.org


2018年3月更新)