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发布日期:2020-04-27
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胡鹏 教授

  


胡鹏博士,男,1987年生,湖北仙桃人,教授、博士生导师,国家级人才入选者。长期从事新型高通量单细胞基因组学技术开发的研究,研发了多种新型前沿的高通量单细胞基因组学测序技术(sNucDrop-seqscNT-seqACE-seq)。第一批开发了高通量单细胞核转录组测序技术,首次从单细胞水平上解析了大脑皮层细胞的特殊基因表达模式和关键疾病基因的调控网络;首批开发了高通量检测单细胞mRNA动态变化的新技术scNT-seq,该技术能广泛应用于研究细胞在外界信号响应过程中mRNA的表达调控机制;单细胞转录组解析了脑垂体中性别差异的细胞组成,首次鉴定了一种新的多荷尔蒙分泌细胞,拓展了对垂体响应外界环境刺激可塑性的认识;研发了单细胞单碱基分辨率的5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)测序技术,为研究大脑皮层细胞基因组中胞嘧啶修饰提供了新的研究手段。这些成果已发表在Nature Biotechnology Nature Methods Molecular Cell Nucleic Acids ResearchGenes & DevelopmentProtein & Cell等杂志。

 

 

学术经历

20039-20077月,华中农业大学、动物科学专业,获学士学位

20079-20097月,中国农业大学、动物遗传育种与繁殖专业,获硕士学位

20099-20141月,中国科学院遗传与发育生物学研究所、生物信息学专业,获博士学位

20141-20163月,上海海洋大学水产与生命学院、博士后

20164-202110月,美国宾夕法尼亚大学医学院遗传系与表观遗传所、博士后

202112-至今,上海海洋大学水产与生命学院、教授、博士生导师

 

 

主要研究方向

高通量单细胞基因组学测序新技术开发和应用、大脑、心脏、基因组学、进化、鱼类单细胞生物学

 

 

发表论文 (*表示共同第一作者)

[1] Hu P*, Fabyanic E*, Kwon DY, Tang S, Zhou Z, Wu H (2017) Dissecting Cell-Type Composition and Activity-Dependent Transcriptional State in Mammalian Brains by Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq. Molecular Cell 68: 1006-1015.e1007. 第一批研发了单细胞核转录组测序技术,首次鉴定了戊四氮诱导痫癫痫小鼠模型中细胞类型特异的转录图谱。

 

[2] Hu P*, Liu J*, Zhao J*, Wilkins BJ, Lupino K, Wu H, Pei L (2018) Single-nucleus transcriptomic survey of cell diversity and functional maturation in postnatal mammalian hearts. Genes & Development 32: 1344-1357. 应用研发的单细胞核转录组测序技术,次首次描绘了出生后小鼠心脏发育的单细胞图谱。

 

[3] Qiu Q*, Hu P*(共同第一), Qiu X, Govek KW, Camara PG, Wu H (2020) Massively parallel and time-resolved single-cell RNA sequencing with scNT-Seq. Nature Methods, 17(10): 991-1001. 开发了型新型的高通量单细胞新生转录本标记技术,准确定量单个细胞中的转录本,能准确用于追溯单细胞的轨迹。

 

[4] Hu P, Liu M, Zhang D, Wang J, Niu H, Liu Y, Wu Z, Han B, Zhai W, Shen Y, Chen L (2015) Global identification of the genetic networks and cis-regulatory elements of the cold response in zebrafish. Nucleic Acids Research 43: 9198-9213. 系统性地鉴定了基因组中低温响应的式用件顺式作用元件,绘制了模式动物斑马鱼低温响应的调控网络。

 

[5] Ho Y*, Hu P*(共同第一), Peel MT, Chen S, Camara PG, Epstein DJ, Wu H, Liebhaber SA (2020) Single cell transcriptomic analysis of the adult mouse pituitary reveals a novel multi-hormone cell cluster and physiologic demand-induced lineage plasticity. Protein & Cell: 1-19. 通过单细胞转录组学分析技术,在鼠垂小鼠脑垂体前叶中鉴定出了一种新的分泌多种激素的细胞类型,扩展了教科书的认知。

 

[6] Schutsky EK, DeNizio JE, Hu P, Liu MY, Nabel CS, Fabyanic EB, Hwang Y, Bushman FD, Wu H, Kohli RM (2018) Nondestructive, base-resolution sequencing of 5-hydroxymethylcytosine using a DNA deaminase. Nature Biotechnology 36: 1083.  5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)修饰在经神经早期发育和疾病中表观调控中发挥了重要的作用,研发了碱分率单碱基分辨率的5hmC测序技术。

 

[7] (预印本) Fabyanic E*, Hu P*(共同第一), Qiu Q, Wang T, Berrios KN, Flournoy J, Connolly DR, Zhou Z, Kohil RM, Wu H (2021) Quantitative single cell 5hmC sequencing reveals non-canonical gene regulation by non-CG hydroxymethylation. Biorxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.23.434325. 进一步在细水单细胞水平开发了碱分率单碱基分辨率的5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)测序技术。

 

[8] Hu P, Liu M, Liu Y, Wang J, Zhang D, Niu H, Jiang S, Wang J, Zhang D, Han B, Xu Q, Chen L (2016) Transcriptome comparison reveals a genetic network regulating the lower temperature limit in fish. Scientific Reports6: 28952.

 

[9] Kwon DY, Xu B, Hu P, Zhao YT, Beagan JA, Nofziger JH, Cui Y, Zaitseva D, Phillips-Cremins JE, Wu H, Zhou Z (2021) Stress-induced epigenetic regulation of transcription in neocortical excitatory neurons drives depression-like behavior. Nature Communications (Accepted), Biorxiv, link doi: https://doi.org/10.1101/2020.07.06.190280.

 

[10] Zhang D*, Yu M*, Hu P*(同一共同第一), Peng S, Liu Y, Li W, Wang C, He S, Zhai W, Xu Q, Chen L (2017) Genetic Adaptation of Schizothoracine Fish to the Phased Uplifting of the Qinghai–Tibetan Plateau. G3: Genes|Genomes|Genetics 7: 1267-1276.

 

[11] Zhang D, Hu P, Liu T, Wang J, Jiang S, Xu Q, Chen L (2018) GC bias lead to increased small amino acids and random coils of proteins in cold-water fishes. BMC Genomics 19: 315.

 

[12] Zhou T, Gui L, Liu M, Li W, Hu P, Duarte DFC, Niu H, Chen L (2019) Transcriptomic responses to low temperature stress in the Nile tilapia, Oreochromis niloticus. Fish & Shellfish Immunology 84: 1145-1156.

 

[13] Yu M, Zhang D, Hu P, Peng S, Li W, He S, Zhai W, Xu Q, Chen L (2017) Divergent adaptation to Qinghai-Tibetan Plateau implicated from transciptome study of Gymnocypris dobula and Schizothorax nukiangensis. Biochemical Systematics and Ecology 71: 97-105.

 

[14] Cao L, Huang Q, Wu Z, Cao D, Ma Z, Xu Q, Hu P, Fu Y, Shen Y, Chan J, Zhou C, Zhai W, Chen L (2016) Neofunctionalization of zona pellucida proteins enhances freeze-prevention in the eggs of Antarctic notothenioids. Nature Communications 7: 12987.

 

[15] Xu Q, Cai C, Hu X, Liu Y, Guo Y, Hu P, Chen Z, Peng S, Zhang D, Jiang S, Wu Z, Chan J, Chen L (2015) Evolutionary suppression of erythropoiesis via the modulation of TGF-β signalling in an Antarctic icefish. Molecular Ecology 24: 4664-4678.

 

 

科教工作获奖情况

鱼类抗冻蛋白基因的起源和低温适应的分子发育机制研究,2021年教育部高等学校科学研究优秀成果奖(科学技术)一等奖。

 

 

学术兼职

Frontiers in Genetics, Guest Associate Editor, 2020/10

 

 

联系方式

地址:上海市浦东新区沪城环路999号海洋科技大楼10

E-mailphu@shou.edu.cn

 (2021年12月更新)