上海水产养殖工程技术研究中心由上海市科委于2009年批准成立，依托我校公益性服务和技术推广机构，是上海市科委公共研发平台之一。

中心位于于我校浦东滨海镇养殖试验场内，建有水产养殖新品种开发与应用、工厂化循环水养殖系统开发与应用、生态养殖与调控技术开发与应用等三大工程化技术开发平台。下设综合办公室、良种培育部、设施渔业部、生态养殖部。

中心根据上海市科委的要求，按照国家产业需求开展科技研发、科技转化，聚焦于水产种质创新与种苗工程、循环水养殖技术与系统工程、绿色生态养殖与水体综合利用等三个重点研究方向，构建服务于重要水产养殖对象全产业链的工程技术体系，立足上海、服务长三角一体化建设和全国渔业高质量发展。近五年，授权专利77件，制定各类标准10项，31项成果达到规模化示范应用水平，其中15项完成成果转化。