洪旎，博士，上海海洋大学，研究员。2008/08-2012/07，新加坡国立大学获得博士学位；2012/12-2015/09，美国国立卫生研究院，博士后；2006/01-2007/07，德国海德堡大学和欧洲分子生物学实验室 EMBL，研究助理。

主要利用斑马鱼和青鳉鱼研究生物早期发育过程与发育机制。重要成果包括建立了首例单倍体青鳉鱼胚胎干细胞，运用细胞移植技术解析宿主组织和供体细胞移植后的相互作用，解析了dnd 基因在青鳉鱼早期生殖细胞形成及发育过程中的重要调控作用。开发和利用单细胞测序研究模式动物早期发育和各种病变，包括利用单细胞转录组分析造血过程，刻画了造血过程中的单等位基因表达，并首次构建了斑马鱼胚胎在合子基因组激活后的染色质可及性图谱。在国际知名期刊上发表SCI收录论文共计50余篇，包括在Nat Cancer、PNAS、Cell Discov、Nucleic Acids Res 等杂志以通讯作者身份发表8篇论文。主持与参与 8项国家和省市级项目。2019 年获批深圳市海外高层次人才（孔雀计划）。

邮箱: nhong@shou.edu.cn   

ORCID：https://orcid.org/0000-0002-9404-3110              

参与和主持的科研项目

1. “农业生物育种”国家科技重大专项项目，“优质速生鱼新品种设计与培育”，2025ZD0408103，2025/12-2030/12，在研，子课题负责人

2. 国家重点研发计划, 2021YFA0909300，真核生物人工染色体的设计建造与功能研究，2021/12-2026/11，在研，项目骨干

3. 广东省重点领域研发计划, 2023B1111020006, 单细胞多组学技术在辅助生殖中的应用，2023/05-2026/05，在研，子课题负责人

4. 广东省自然科学基金面上基金，2023A1515011908，整合多模态组学数据解析胚胎发育的时空动态和调控机制，2023/01-2025/12，已结题，主持

研究方向：

1. 生殖细胞命运决定机制的研究：动物的生命起源于精子与卵子结合后的受精卵（zygote），通过一系列的发育过程分化成为数百种不同类型的细胞，形成生物个体。细胞分化和命运决定依赖于复杂和动态的基因调控，染色质可及性（chromosome accessibility）则通过基因调控在细胞命运决策调节中起着关键作用。在早期胚胎发生过程中，单细胞水平上进行了广泛的基因表达变化分析有助于研究细胞异质性所决定的个体细胞命运及调控机制。我们使用基于平板的单细胞 ATAC-seq 方法来分析斑马鱼胚胎中超过 10 000 个细胞核的染色质可及性动力学。通过研究合子基因组激活（ZGA） 后立即的几个重要时间点，包括涵盖直到圆顶的关键发育阶段，我们揭示了当细胞开始分化为包膜层 （EVL） 和卵黄合胞层 （YSL） 细胞时，第一个细胞命运规范中的关键染色质特征，识别对细胞命运规格很重要的潜在细胞类型特异性增强子和转录因子基因序列（Xu at al., Nucleic Acid Res., 2024）。此研究补充了围绕斑马鱼合子基因组激活过程中顺式调节元件的染色质可及性动力学的动态变化信息。我们将锚定鱼类生殖细胞发育为重要的生物问题，结合功能研究与组学技术多维度解析生殖细胞命运的决定机制。

 2. 草鱼性腺发育的研究：草鱼性腺发育速度受季节、水温、生长环境及地域等多个因素影响，直接决定其性成熟时期导致养殖时间长而影响产量。另外草鱼雌性个体生长优势明显高于雄性，挖掘草鱼生殖及性别调控模式具有重要的价值及应用前景。基于转录组测序分析已有报道，草鱼精巢与卵巢呈现少数较特异的关键差异基因及表达模式。草鱼的性腺发育是一个复杂的过程，涉及到生物学特征、环境因素及基因表达等多个方面的相互作用，为草鱼的繁殖和养殖提供了重要的科学依据。我们计划结合多组学技术、细胞与分子实验、干细胞培养等手段，解析草鱼性腺发育与性别特征基因表达的密切关系，其调控与干扰，分析性别特征表达基因的表达及调控、时空图谱，为进一步了解草鱼性腺发育与调控机理提供数据基础，为草鱼的繁殖和养殖提供重要的科学依据，并应用于生物育种。

代表性论文 (#同等贡献，*通讯作者)

1. Jawad, M, Xu H, Nasir S, Yin J, Wu M, Wang Ai, Hong N*, Li M*. (2025). Microbial dysbiosis and hepatic inflammation under combined pesticide exposure: Insights into gut–liver axis disruption in Japanese medaka. Journal of Hazardous Materials, 499,140295.

2. Xu Q#, Zhang Y#, Xu W, Liu D, Jin W, Chen X*, Hong N*. (2024). The chromatin accessibility dynamics during cell fate specifications in zebrafish early embryogenesis. Nucleic Acids Res., 52(6):3106-3120

6. Huang C#, Wang X#, Wang Y#, Feng Y, Wang X, Chen S, Yan P, Liao J, Zhang Q, Mao C, Li Y, Wang L, Wang X, Yi W, Cai W, Chen S, Hong N*, He W*, Chen J*, Jin W*. (2024). Sirpα on tumor-associated myeloid cells restrains antitumor immunity in colorectal cancer independent of its interaction with CD47. Nat Cancer, 5(3):500-516.

7. Wang J^#, Chen W^#, Yue W, Hou W, Rao F, Zhong H, Qi Y*, Hong N*, Ni T*, Jin W*. (2022). Comprehensive mapping of the alternative polyadenylation site usage and its dynamics at single cell resolution. PNAS, 119: e2113504119.

8. Qin P#, Pang Y#, Hou W#, Fu R#, Zhang Y#, Wang X#, Meng G, Liu Q, Zhu X, Hong N*, Cheng T* and Jin W*. (2021). Integrated decoding hematopoiesis and leukemogenesis using single cell sequencing and its medical implication. Cell Discov, 7:2.

9. Hong N, Li M, Yuan Y, Wang T, Yi M, Xu H, Zeng H, Song J, Hong Y. (2016). Dnd is a Critical Specifier of Primordial Germ Cells in the Medaka Fish. Stem Cell Reports 6:411-421.

10. Yi, M., Hong, N. and Y. Hong. (2009). Generation of medaka fish haploid embryonic stem cells. Science 326, 430-433.