近日，上海海洋大学与中国水产科学研究院渔业工程研究所的科研团队联合攻关，成功研发鳜55K液相育种芯片，正式命名为“全芯1号”。该芯片依托千尾级全基因组重测序数据构建高密度SNP标记集，全面覆盖我国多流域野生鳜种群与主流养殖品种，将为我国鳜基因组选择育种提供更加强有力的科技支撑。

一、产业需求迫切，传统育种亟待升级

鳜是我国特有的名贵淡水经济鱼类，肉质细嫩、无肌间刺、营养价值高，深受消费市场青睐。据最新统计数据，2025年我国鳜养殖产量突破60万吨，较2024年增长6.36万吨，产业规模保持快速增长。随着养殖区域从传统南方主产区向全国拓展，产业对生长快、驯食好、抗病强、肉质优的良种需求日益迫切。然而，传统育种高度依赖表型选择，存在选育周期长、准确率低、复杂性状难以突破等瓶颈。以基因组选择为核心的分子育种技术，为破解这一难题提供了高效路径。近年来国内虽已推出鳜育种芯片，但现有芯片在北方流域野生种群覆盖度、标记密度、功能位点整合等方面仍存在明显局限，难以满足全国多区域精准育种需求。

二、高密度、广覆盖，四大优势助力精准育种

“全芯1号”以1392尾鳜的全基因组重测序数据为核心，经严格筛选获得56,789个高质量SNP位点（较现有40K芯片密度提升约42%）。芯片首次系统整合黑龙江、长江、珠江、海河等流域的自然野生种群以及翘嘴鳜“广清1号”、翘嘴鳜“华康1号”等主流养殖品种，实现标记密度与种质覆盖双重升级。芯片从四大维度实现性能跃升：一是标记密度更高，全基因组均匀分布，显著提升基因组育种值（GEBV）估计准确性，尤其适配生长、驯食等多基因复杂性状选育；二是种质覆盖更广，打破现有芯片以南方种群为主的局限，全面适配全国不同地域、不同品系的育种需求；三是功能位点精准整合，纳入经验证的生长、驯食、性别等关键性状关联位点，实现“全基因组选择+重点性状定向选育”双重功能；四是高效低成本，采用液相芯片技术，位点检出率高、检测周期短、单样本成本低，满足育种企业规模化应用。依托上述优势，该芯片可广泛应用于种质资源鉴定与评价、GWAS功能基因定位、基因组选择育种及分子标记辅助育种等全流程，有效缩短育种周期、提升选育准确率，推动我国鳜育种从“经验育种”向“基因组精准育种”全面升级，为水产种业振兴提供重要科技助力。

“全芯1号”鳜55K液相芯片

三、研发团队

“全芯1号”芯片由上海海洋大学与中国水产科学研究院渔业工程研究所联合攻关，石家庄博瑞迪生物技术有限公司提供技术支撑。渔工所团队由许建研究员领衔，徐庆磊副研究员具体承担全国多流域鳜鱼种质资源收集、全基因组重测序数据整合及性状关联位点挖掘等核心工作，为芯片研发筑牢了关键数据底座。上海海洋大学团队由徐鹏教授、赵金良教授共同领衔。作为鳜育种岗位科学家依托单位，上海海洋大学长期深耕鳜遗传育种研究，培育了鳜新品种“秋浦杂交斑鳜”，并在全国主产区开展示范推广，为产业种源升级提供了坚实支撑。本次研发中，赵岩副教授、曾俊嘉博士后、林子涵博士生分工协作，系统完成了候选位点筛选、基因组分布优化与育种价值评估，确保了芯片位点的科学性与育种实用性。未来，团队将依托“全芯1号”芯片，围绕饲料利用效率、抗病抗逆等复杂经济性状，深入开展基因组选择育种研究，加速优良品种培育进程。博瑞迪依托成熟液相芯片平台，承担探针设计与芯片合成工作。

此外，在鳜鱼种质资源搜集过程中，项目还得到了池州市贵池区水产业发展中心、河北农业大学海洋学院吴成宾老师等单位及个人的大力支持。