学院的研究生教育从1983年开始招收水产养殖专业硕士研究生开始，到2012年历经30年发展历程，初步形成水产与生命学科较完整的研究生教育学位授予体系。

1983年孟庆闻、谭玉钧和王义强开始招收水产养殖专业研究生，截至1989年水产养殖共招收水产养殖专业51人。

1994年起，学校与中国科学院海洋研究所、青岛海洋大学联合培养2名博士研究生，我院王素娟被中国科学院海洋研究所聘为副博士生导师、李思发被青岛海洋大学聘为水产养殖学科专业副博士生导师；1996年获得水生生物学硕士学位授予权，同时，水产养殖硕士学位点获得在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位授予权；1997年学校与中国水产科学研究院联合研究生部正式挂牌，同时，完成水产养殖硕士点评估工作。1998年6月取得水产养殖博士点的授予权。

经过近30年的发展，目前水产与生命学院已拥有1个一级学科博士后流动站（水产学）；1个一级学科博士学位授权点（生物学），1个二级学科博士点（水产养殖学）；2个一级学科硕士学位授权点（生物学、生态学）；7个二级学科硕士学位授权点（水产养殖学、海洋生物学、动物营养与饲料科学、临床兽医学、动物遗传育种学、环境科学、渔业）。

2012年6月，学院在校全日制研究生人数已达到932人，其中博士生42人，硕士生890人。2012年，在招研究生导师人数达到98人，其中在招博士生导师37人。研究生培养质量逐年提高，近5年来，获得优秀硕、博士论文分别为19和5篇，其中校级优秀论文17篇、上海市级7篇。

研究生培养方面，2001年学校全面实行研究生教育校院二级管理体制，学院配合学校新制订一系列规章制度，完善研究生培养全过程的管理，包括个人培养计划制订制度、学位论文开题公开报告制度、中期考核淘汰制度、学位论文预答辩制度、论文盲审制度及学位论文原创性检查。2005年1月，学校成立校党委领导下的研究生工作部，形成学院党委、研究生工作部、研究生导师三位一体的研究生思想政治教育管理模式，明确学院党委书记为学院研究生思想政治管理的第一责任人，并建立一支专兼职相结合的研究生辅导员队伍，加强研究生思想政治工作。